Wenn die Maische ca. 5% Vol. Alkohol erreicht hat und kein Zucker mehr vorhanden ist, um diese in Alkohol mit Hilfe von natürlicher Hefe umzuwandeln, ist es Zeit für die Destillation.

Auch hierbei greifen die Mezcaleros auf ihr Erbe zurück. So gibt es Destillen aus verschiedenen Materialien. Die meisten Destillen bestehen aus Kupfer oder Ton, da diese nicht so hitzeempfindlich sind und sich in der Vergangenheit bewährt haben.

Mezcal wird grundsätzlich zweimal destilliert. Selten findet man jedoch auch dreifach destillierten Mezcal, wie z.B. bei der Sonderform Pechuga.